循环冷却水系统经常会出现细菌和藻类的滋生，从而使系统出现腐蚀和结垢，而且由于系统的热交换，使水份不断蒸发，水中的含盐量不断增加。为保证系统的正常运行，通常在循环冷却水系统中投加缓蚀阻垢杀菌等药剂，同时不断补充新鲜的水。

循环冷却水加药系统，根据循环冷却水的浓缩倍数，通过电导率仪检测循环冷却的电导率（指标为水的含盐量）达到一定数值后，控制电磁阀打开，循环冷却水系统开始排放污水，在排放污水的同时向水中补加新鲜的水，同时向水中投加缓蚀阻垢剂（其投加浓度根据水质和缓蚀阻垢剂的种类）。由于循环冷却水的碱度偏高，可以通过自动加酸装置调节其PH值。通过向水中比例投加杀菌灭藻剂，控制循环冷却水的细菌和粘泥的增长。